Lek może być przyjmowany na trzy sposoby. Doustnie – do czasu rozpuszczenia umieszczany pod językiem albo w przestrzeni policzkowej (między policzkiem a dziąsłem) lub dopochwowo. Mizoprostol zastosowany dopochwowo wymaga umieszczenia tabletek jak najgłębiej, w kierunku macicy. Musimy się liczyć z tym, że leki do całkowitego rozpuszczenia w narządach wewnętrznych potrzebują zazwyczaj 4 dni.

Wybór formy podania leku nie ma wpływu dla skuteczności aborcji farmakologicznej. W każdym przypadku efekty będą takie same. Z tego powodu zalecanym sposobem zażycia Mizoprostolu jest aplikowanie go pod język. Podany w takiej formie jest w 100% niezauważalny, a tym samym niewykrywalny w trakcie ewentualnego badania ginekologicznego.

W Polsce nie przeprowadza się testów na obecność mifepristone lub misoprostolu we krwi, co dodatkowo wpływa na komfort kobiety poddającej się zabiegowi aborcji medycznej w warunkach domowych. Nawet jeśli trafi do szpitala w wyniku powikłań, lekarz nie jest w stanie potwierdzić, że aborcja nie była naturalna. Wszystkie tabletki Mizoprostolu powinny być zażywane w taki sam sposób.